Los productos químicos utilizados en las piscifactorías marinas se pueden dividir en dos categorías:
- Productos de higiene para la desinfección o para el control ambiental, p. Ej. agentes antiincrustantes para jaulas de peces, y
- medicamentos, divididos en agentes quimioterapéuticos para terapia o profilaxis de enfermedades que actúan sobre los organismos invasores, y farmacológicos que actúan sobre el animal objetivo.